La coopération transfrontalière dans le domaine de la santé est une affaire complexe à bien des égards : elle repose juridiquement sur des accords européens et bilatéraux ; elle doit régulièrement affirmer sa pertinence vis-à-vis des capitales Berlin et Paris ; pour réussir, elle a besoin du soutien politique et administratif de différentes institutions au niveau national et régional, qui sont elles-mêmes parfois organisées en comités opérationnels spécifiques de la coopération transfrontalière.

Selon l'étude, les principaux défis de la coopération sanitaire franco-allemande découlent de cet ensemble d'exigences les plus diverses :

1. Il y a trop peu de données fiables pour les décideurs. Combien de passages de frontières ont lieu pour des prestations de santé ? Ce sont des questions comme celles-ci pour lesquelles il n'existe actuellement que peu de données fiables, selon l'étude. De plus, il manque un aperçu précis de l'offre de soins médicaux existante des deux côtés de la frontière. Ce manque de données comparables et systématiquement collectées complique la tâche des acteurs de la coopération sanitaire transfrontalière pour faire valoir leurs intérêts à Paris et à Berlin.
    
2. Le développement des soins de santé transfrontaliers dans les régions frontalières franco-allemandes se heurte souvent à des considérations budgétaires et à des contraintes économiques. Un approfondissement de la coopération ne serait donc guère envisageable sans une situation économique gagnant-gagnant. La raison en est surtout l'orientation concurrentielle du système de santé allemand, alors que dans le pays voisin, la santé est plutôt considérée fondamentalement comme un service public.
    
3. Il y a un manque de connaissances sur le système de santé et sur les compétences des autorités nationales et régionales dans le pays voisin. Les systèmes de santé et d'assurance maladie en France et en Allemagne se distinguent essentiellement par leur structure (organisation centralisée en France et fédéralisme en Allemagne) ce qui se répercute également au niveau de la répartition des compétences : alors que dans le système allemand, l'organisation de la politique de santé au niveau local relève exclusivement de la compétence du Land, en France, les questions de santé sont le plus souvent décidées de manière centralisée à Paris. Pour une meilleure compréhension du pays partenaire et de son administration, un échange régulier et institutionnalisé serait nécessaire, comme cela a été le cas pendant la pandémie de la Covid-19.
    
4. Les conflits peuvent renforcer la coopération. Selon les auteurs de l'étude, la confrontation des expériences positives et négatives dans la gestion de la pandémie recèle un potentiel essentiel pour l'organisation future de la coopération sanitaire. Cela vaudrait la peine de considérer les différences de manière constructive et l'incompréhension vis-à-vis des interlocuteurs du pays voisin comme une chance de se rapprocher plus.